Existen multitud de foros acerca del dilema de cuándo usar subdominios y subdirectorios. Hasta hace un tiempo, google usaba el «host crowding», es decir, google mostraba hasta dos resultados de cada nombre de host o subdominio de un dominio.
Ahora si una consulta es lo suficientemente relevante, puede llegar a mostrar varios resultados de un mismo dominio.
Lo lógico es que para separar contenidos lo hagamos en carpetas y subcarpetas, y que cuando estos contenidos sean totalmente diferentes lo hagamos en subdominios. Si estoy diseñando una agencia de viajes online, crearía un subdominio por cada uno de los tipos que tengo (vuelos, cruceros, playas, hoteles,….) y crearía subcarpetas para los diferentes subtipos de cada tipo (vuelos a Madrid, vuelos a Barcelona, ….).
En mi opinión el riesgo de que google interprete tus acciones como spam es más elevado para los subdominios, por lo que siempre, a no ser que se trate de un gran portal, procuro separar la información en subcarpetas. Y apoyo esta opinión en que según Matt Cutts, ninguno de los dos métodos tiene preferencia sobre el otro a la hora del posicionamiento. Se recomienda el uso de subdominios para contenidos muy diferenciados. Uno de los ejemplos que da Matt, es para una web qu por ejemplo esté en francés y alemán. Matt aconseja en primer término diferenciarlos por web.fr y web.de, si no es posible hacerlo por fr.web.com y de.web.com y finalmente como último recurso usando /fr y /de. Obviamente el contenido de estas dos web va a ser el mismo, pero son lo suficientemente autónomas como para tener cada una su propio subdominio, por lo que en este caso prima el subdominio al subdirectorio.
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